События фильма разворачиваются в ближайшем будущем в Японии.
Нобухико Комёдзи – эксперт по роботам.
Он возглавлял проект «Ковчег» и создал робота Кикайдера.
После загадочной смерти Нобухико, Кикайдер начинает борьбу с «Ковчегом», который сильно отклонился от своей первоначальной миссии.