После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги — теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела.
Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел.
После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её Девятый отдел выходят на след киберпреступников.
Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки.
Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме.
Кусанаги также стремится заручиться помощью снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза в новом отряде 9-го отдела госбезопасности.
Между двумя группами возникает соперничество.
В центре сюжета - начало карьеры офицера Альянса Джеймса Веги.
Джеймс приходит в элитный отряд спецназа Альянса в начале борьбы с таинственной угрозой, известной как Коллекционеры.
Состоя на службе в отдалённой звёздной системе, Джеймс Вега и его напарники должны защитить граждан колонии от вторжения неизвестных, которые пытаются похитить людей.